La rehabilitació i restauració d'allò que simplificadament anomenem antic monestir de Sant Miquel dels Reis pretenia des del principi harmonitzar un doble objectiu: en primer lloc, la recuperació per a la memòria dels valencians d'un dels episodis més brillants i cultes de la seua història; i en segon lloc la recuperació física d'un patrimoni d'altíssim valor arquitectònic per al gaudi social, destinant-lo a un ús cultural que es vincularà directa o indirectament amb l'origen i la trajectòria del propi edifici.



Com a principis arquitectònics rectors de la restauració es varen fixar: la voluntat de respectar, clarificar i posar en valor el magma històric existent, fet que va conduir a restaurar amb tota la dignitat les dependències del claustre sud; la decisió de mostrar com a inacabada l'ampliació del segle XVIII però unint-la amb l'obra dels jerònims; la decisió d'integrar i exposar les restes arquitectòniques del monestir cistercenc, i també la de deixar constància de la utilització carcerària mitjançant el manteniment dels volums aparents dels cossos nord i oest del pati nord, com també una part de l'ingrés i l'explanada de davant, fent desaparéixer la resta d'edificacions auxiliars i la tanca al voltant del presidi, en benefici d'una millor relació del conjunt amb la ciutat.


L'esplanada davantera conservaria part dels arbres dels últims cent anys, i amb una sòbria expressió formal, d'acord amb l'arquitectura jerònima, seria tractada com un immens pati-atri. Per altra banda, la rehabilitació va plantejar l'ús públic per al claustre sud, amb major valor arquitectònic; l'ampliació del segle XVIII per a les àrees semirestringides de treball tècnic bibliotecari; i les zones de dipòsits en les estructures carceràries de nova planta, construïdes en el pati nord, i que podien ser objecte d'una requalificació més contundent.



Per últim, cal fer menció al fet que una de les preocupacions de la posada en valor del conjunt monumental ha estat l'adequat coneixement i gaudi d'este bé cultural pel col·lectiu social. Per este motiu, es va pensar en la reserva d'un espai expositiu que contindria la història del complex monumental mitjançant un audiovisual, quatre maquetes representatives de l'evolució de l'edifici i un mòdul expositiu que narra la història del conjunt. Complementàriament, s'ha realitzat una senyalització cultural que coordinada amb la necessària senyalització funcional, es convertix en el millor itinerari expositiu del monument.