A partir d'esta data l'edifici va quedar en un estat de quasi abandonament i sense un ús definit. El 1843 va ser venut a un particular que tenia la intenció de demolir-lo. Encara que es van proposar diversos usos per al conjunt arquitectònic, cap d'estos no es va fer realitat fins al 1857, any en què es va habilitar com a asil de mendicitat.

"Servix de cau a unes quantes famílies que diuen que són de militars retirats sense més objecte ni ocupació que explotar la riquesa de l'edifici arrancant portes, rajoles, ferros i tot allò que no resistisca la seua força natural."

Informe sobre Sant Miquel dels Reis elaborat per la Comissió de Monuments Històrics i Artístics l'any 1845

L'any 1874 l'estat va decidir condicionar Sant Miquel dels Reis com a Presidi Nacional. Es va encarregar el projecte d'adequació a l'arquitecte Tomás Aranguren. El projecte inicial, no portat a terme totalment, preveia la destrucció d'una gran part del conjunt monumental, i només respectava l'església.


El projecte final va consistir en la construcció de dos galeries penitenciàries de nova planta al pati nord, on a més a més es van enderrocar les últimes edificacions que quedaven en peu de l'antic claustre de Sant Bernat de Rascanya. Una altra galeria penitenciària es va instal·lar a l'ala oest del claustre sud, cosa que va comportar la desaparició de la Capella dels Reis i de la sala que havia contingut la famosa biblioteca del duc de Calàbria.