L'any 1545, el duc de Calàbria va obtindre del papa Pau III una
butla per la qual se suprimia l'orde cistercenc al monestir de Sant Bernat
de Rascanya i s'instaurava en lloc seu l'orde jerònim. El monestir
va passar a denominar-se a partir d'eixe moment Sant Miquel dels Reis.
El duc de Calàbria va concebre un ambiciós programa cultural
i religiós per a Sant Miquel dels Reis. La idea era construir un
nou edifici que incloguera un monestir, una escola d'art i teologia a l'entorn
de la seua famosa biblioteca i un panteó familiar.
El projecte va ser encarregat a Alonso de Covarrubias, arquitecte del rei
i de la catedral de Toledo. La proposta de Covarrubias, que incloïa
la reforma i l'ampliació de l'església cistercenca i la construcció
d'un nou claustre al sud d'esta, sempre va respectar l'antic claustre de
Sant Bernat de Rascanya, situat a l'altre costat de l'església.
"El monestir de Sant Miquel dels Reis, de pares jerònims,
a mitja llegua de València, es troba enmig de frondosos camps i ocupa
un dels millors llocs de l'horta de València."
Alexandre de LABORDE, 1808
Les obres es van iniciar pel claustre sud, però la prematura mort
del duc de Calàbria, ocorreguda l'any 1550, i els problemes econòmics
que se'n van derivar, van paralitzar els treballs. Vint anys després,
començades de nou les obres, els jerònims van decidir variar
el projecte de Covarrubias pel que feia a l'ornament i seguir el disseny
del claustre dels Evangelistes d'El Escorial, aleshores acabat de concloure.
Posteriorment, al segle XVII, es va construir l'església i a final
del segle XVIII va començar la construcció del claustre al
nord de l'església, claustre que no es va arribar a acabar mai.
El refectori i la cuina es van mantindre en l'antic claustre de Sant Bernat
fins al s. XVIII.