En 1545, el duque de Calabria obtuvo del papa Pablo III una
bula por la que se suprimía la orden cisterciense en el monasterio
de Sant Bernat de Rascanya y se instauraba en su lugar la orden
jerónima, pasando a denominarse el monasterio a partir de ese
momento San Miguel de los Reyes .
El duque de Calabria concibió un ambicioso programa cultural y religioso
para San Miguel de los Reyes. La idea era construir un nuevo edificio que
incluyera un monasterio, una escuela de arte y teología en torno a su famosa
biblioteca y un panteón familiar.
El proyecto fue encargado a Alonso de Covarrubias, arquitecto del rey y de
la catedral de Toledo, cuya propuesta incluía la reforma y ampliación de la
iglesia cisterciense y la construcción de un nuevo claustro al sur de la misma,
respetando, en todo momento, el antiguo claustro de Sant Bernat de Rascanya,
situado al otro lado de la iglesia.
El monasterio de San Miguel de los Reyes, de padres gerónimos,
a media legua de Valencia, está en medio de frondosas campiñas, ocupando una
situación de las mas deliciosas de la huerta de Valencia
Alexandre de LABORDE, 1808
Las obras se iniciaron por el claustro sur, pero la temprana muerte del duque
de Calabria, ocurrida en 1550, y los problemas económicos que se derivaron
paralizaron los trabajos. Veinte años después, comenzadas de nuevo las obras,
los jerónimos decidieron variar el proyecto de Covarrubias en lo que respecta
al ornato y seguir la traza del claustro de los Evangelistas de El Escorial,
entonces recién concluido.
Posteriormente, en el siglo XVII, se construyó la iglesia y a finales del
siglo XVIII comenzó la construcción del claustro al norte de la iglesia que
nunca llegó a terminarse.
El refectorio y la cocina permanecieron en el antiguo claustro de Sant Bernat
hasta el s. XVIII